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并行计算——MPI编程

yhryhryhr- 2024-10-13 00:01:03
简介并行计算——MPI编程

目录

基础知识

进程与线程，并行与并发

奇偶排序

MPI实现 odd-even sort

思路

环境部署

编程实现（C++）

“若干”的问题

参考链接

一个偶然的机会，我接触到了国立清华大学的MPI编程作业，也就接触到了并行计算。这次作业简单描述的话，就是使用MPI的并行计算能力实现一个奇偶排序，并理解他的原理、思想，下面是作业的原题。

In this homework, you are required to write a parallel odd-even transposition sort by using MPI. A a parallel odd-even transposition sort is performed as follows:

/* Initially, numbers are distributed to processes, respectively.*/

  1. For each process with odd rank P, send its number to the process with rank P-1.

  2. For each process with rank P- 1, compare its number with the number sent by the process with rank P and send the larger one back to the process with rank P.

  3. For each process with even rank Q, send its number to the process with rank Q-1.

  4. For each process with rank Q- 1, compare its number with the number sent by the process with rank Q and send the larger one back to the process with rank Q.

本文主要介绍并行计算的概念，以及MPI编程如何实现。

基础知识

进程与线程，并行与并发

进程与线程：

① 进程：可以理解为电脑任务管理器的一个个应用，他是系统资源分配的基本单位，一个进程可以被多个CPU执行。

② 线程：可以理解为进程的一部分，一个进程可以由多个线程组成，他是CPU调度执行的基本单位，一个线程不可以被多个CPU执行。

多任务执行的两种方式：

① 并发：在一段时间内交替去执行多个任务：任务数量大于CPU核心数<切换速度很快>

② 并行：在一段时间内真正同时一起执行多个任务：任务数量小于或等于CPU核心数）

在python中，有许多模块，例如threading、multiprocessing都可以实现线程的并发、并行，一下是一段使用threading的代码示例：

import threading
import time
​
​
# 定义任务函数
def task(num):
    print('Thread %d is processing...' % num)
    time.sleep(1)  # 模拟任务执行时间
    print('Thread %d is done.' % num)
​
​
# 并行执行任务
def parallel_processing():
    threads = []
    start_time = time.time()  # 记录开始时间
    # 创建 5 个线程，并启动执行任务
    for i in range(5):
        t = threading.Thread(target=task, args=(i,))
        threads.append(t)
        t.start()
    # 等待所有线程都完成
    for t in threads:
        t.join()
    end_time = time.time()  # 记录结束时间
    print(f"Parallel processing time: {end_time - start_time:.2f}s")  # 输出并行处理所需时间
​
​
# 并发执行任务
def concurrent_processing():
    start_time = time.time()  # 记录开始时间
    # 创建 5 个线程，并启动执行任务
    for i in range(5):
        t = threading.Thread(target=task, args=(i,))
        t.start()
    end_time = time.time()  # 记录结束时间
    print(f"Concurrent processing time: {end_time - start_time:.2f}s")  # 输出并发处理所需时间
​
​
if __name__ == '__main__':
    parallel_processing()  # 并行处理任务
    concurrent_processing()  # 并发处理任务

一般情况下，线程并发比线程并行更快。这是因为线程并发使用的是单一CPU资源进行多个任务的切换执行，而线程并行则需要将任务分配到多个CPU核心上进行并行处理。由于存在线程切换的开销和多个CPU之间的数据交互的通信开销，线程并行可能会消耗更多的系统资源和时间，导致效率较低。但是，对于某些计算密集型或I/O密集型的任务，如果能够利用多核CPU的优势，采用线程并行方式可以取得更好的效果。

那么同样的道理，进程的并行通常比并发更快。但是，采用并发还是并行都必须结合具体情况，如程序所需的资源多少和当前的CPU个数进行具体分析。

奇偶排序

奇偶排序（odd even sort）是一个经典的排序算法，而将这个算法用于体现MPI编程的好处，则是更为经典的做法。

下面为奇偶排序示意动图以及python代码：

def odd_even_sort(arr):
    """
    奇偶排序函数，输入一个列表，返回一个按升序排列的新列表
    """
    n = len(arr)
    sorted_flag = 0
    while sorted_flag == 0:
        sorted_flag = 1
        for odd_even in range(2):
            # 如果是奇数轮，则从下标为1的位置开始，每隔2个元素比较一次
            # 如果是偶数轮，则从下标为0的位置开始，每隔2个元素比较一次
            for i in range(odd_even, n - 1, 2):
                if arr[i] > arr[i + 1]:
                    arr[i], arr[i + 1] = arr[i + 1], arr[i]
                    sorted_flag = 0
    return arr
​
​
if __name__ == '__main__':
    number = [503, 87, 512, 61, 908, 170, 897, 275, 653, 426, 154, 509, 612, 677, 765, 703]
​
    # 输出未排序的关键字
    print("Unsorted Ks:")
    for i in range(len(number)):
        print(i + 1, ":", number[i])
    print()
​
    # 奇偶排序
    odd_even_sort(number)
​
    # 输出已排序的关键字
    print("Sorted Ks:")
    for i in range(len(number)):
        print(i + 1, ":", number[i])

我们不难看出，奇偶排序有很强的可并行性，同一个for i in range(odd_even, n - 1, 2)中，每一次的交换都是没有前置条件的，这当然可以并行批量完成交换。

MPI实现 odd-even sort

MPI（Massage Passing Interface）是消息传递函数库的标准规范，由MPI论坛开发。可以使用他进行进程间的通信，实现进程间的并行计算。

思路

思路描述如下：

  • Step0：和前面说的一样，先根据CPU的个数将整个待排序数组分成若干个子序列（这里的“若干个”，在后面会有更详细的解释）。

  • Step1：在每个子序列中，随意的使用一个排序算法将子序列从小到大排好（真的随便用什么算法，总之排好就可以了）。

  • Step2：以子序列为单位，对整个序列进行奇偶排序，在比较后序号较小的子序列保存前半部分的小数，较大的子序列保留后半部分大数字（这个大小完全是根据排序升降序的要求）

  • Step3：重复Step1、Step2，直到序列完全有序。

你可能存在疑惑，没关系，下面有例子。

假设待排序的数组如下：

arr=[15,11,9,16,3,14,8,7,4,6,12,10,5,2,13,1]，即1-16的打乱，子序列分为4个，排序过程如下：

排序过程子序列P1P2P3P4
初始情况15,11,9,166,3,14,87,4,6,125,2,13,1
1_组内排序9,11,15,163,6,8,144,6,7,121,2,5,13
1_奇偶排序_奇3,7,8,911,14,15,161,2,4,56,10,12,13
1_奇偶排序_偶3,7,8,91,2,4,511,14,15,166,10,12,13
2_奇偶排序_奇1,2,3,45,7,8,96,10,11,1211,12,13,14
2_奇偶排序_偶1,2,3,45,6,7,89,10,11,1211,12,13,14
序列排好了

1_奇偶排序_奇：P1与P2比，P3与P4比，这里的“比”是指将两个子序列合并排好序，序号偏小的留下数值小的部分，序号偏大的留下数值大的部分。

1_奇偶排序_偶：P2与P3比，P1、P4被跳过了。“比”的含义同上。

这个过程固然是很麻烦，把原本简单的排序似乎搞复杂了，但是要明白，联合很多个人做事要比单干麻烦很多，想到这里我也就不觉得奇怪了。

环境部署

由于MPI不是一个语言，而是一种新的库描述，所以可以用很多语言实现，本文讲C++和python的环境配置方法。

C++

# 首先安装gcc和gfortan，这两步应该问题不大
sudo apt‐get install gcc
which gcc
sudo apt‐get install gfortran
whicg gfortan
# 接着安装MPI编程的环境
sudo wget http://www.mpich.org/static/downloads/3.3.2/mpich‐3.3.2.tar.gz
tar ‐zxvf mpich‐3.3.2.tar.gz
cd mpich‐3.3.2
./configure ‐‐prefix=/usr/local/mpich‐3.3.2
# The ‐‐prefix parameter is to set the installation path, just set the appropriate path according to your needs, but you need to remember the installation location
make
# 这一步需要很长时间，请耐心等待
make install
vim ~/.bashrc
# 写入环境变量
    export PATH="/usr/local/mpich‐3.3.2/bin:$PATH"
source ~/.bashrc
which mpicc
which mpif90 # 查看是否安装成功

MPI编程的测试代码：

/* hellow.c */
#include <stdio.h>
#include <mpi.h>
int main(int argc, char * argv[])
{
    int myrank, nprocs;
    MPI_Init(&argc, &argv);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&nprocs);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myrank);
    printf("rank%dof%d:Hello,world!
",myrank, nprocs);
    MPI_Finalize();
    return 0;
}

  • MPI_Init(&argc, &argv);初始化MPI编程环境

  • MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&nprocs);MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myrank);获得并行环境参数（进程总数，本地进程编号等）。

  • printf("rank%dof%d:Hello,world! ",myrank, nprocs);执行计算、通信。

  • MPI_Finalize();结束MPI编程。

编译、执行命令：

mpicc hellow.c ‐o hellow
mpirun ‐np 4 ./hello

python

MPI在Python中的实现是通过mpi4py库来完成的，瞬间安装命令如下：

pip install mpi4py --upgrade -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com

当然，还需要安装MPI本身：Download Microsoft MPI v10.0 from Official Microsoft Download Center，直接一路安装到底，也不需要手动配环境变量。

编程实现（C++）

#include<iostream>
#include"mpi.h"
#include<ctime>
#include<cmath>
#include<algorithm>
​
using namespace std;
​
void odd_even_sort(float *p, int num);//顺序执行的奇偶排序
void swap(float *p, int i, int j);//交换算法
void mergeSort(float *data, float *buffer, float *tmp, bool &sort, int part);//两块排好序的元素进行排序合并
void parallelMergeSort(float *data, int part);//奇偶排序式的 融合排序算法
​
int main(int argc, char *argv[]) {
    MPI_Init(&argc, &argv);
    int myid, numprocs;//进程标识，进程总数
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myid);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &numprocs);
    int masterNode = 0;
    float *memoryPool = nullptr;
​
    if (myid == masterNode) {
​
        const int N = 9900;//待排元素个数
        int padding = numprocs - N % numprocs;//若不能整除则需加上padding个无穷大的元素使能够整除
​
        memoryPool = new float[N + padding] {0};
        srand(time(NULL));
        for (int i = 0; i < N; ++i)
            memoryPool[i] = (rand() % 1000) / 10.0;
​
        double start = MPI_Wtime();//串行开始计时
        if (numprocs == 1) {
            odd_even_sort(memoryPool, N);
            double finish = MPI_Wtime();//串行停止计时
            cout << "串行时间：" << finish - start << endl;
            MPI_Finalize();
            return 0;
        }
        for (int i = 0; i < padding; ++i)
            memoryPool[N + i] = numeric_limits<float>::infinity();//设置一个无穷大值
        int part = (N + padding) / numprocs;
​
        start = MPI_Wtime();//并行开始计时
        MPI_Bcast(&part, 1, MPI_INT, masterNode, MPI_COMM_WORLD);
​
        float *data = new float[part] {0};
​
        //主进程向各进程播撒数据
        MPI_Scatter(memoryPool, part, MPI_FLOAT, data, part, MPI_FLOAT, masterNode, MPI_COMM_WORLD);
​
        //保证部分有序
        odd_even_sort(data, part);
​
        parallelMergeSort(data, part);
​
        //将全局有序的数据收集到主进程
        MPI_Gather(data, part, MPI_FLOAT, memoryPool, part, MPI_FLOAT, masterNode, MPI_COMM_WORLD);
​
        double finish = MPI_Wtime();//并行停止计算
​
        if (memoryPool)delete[]memoryPool;
​
        if (myid == masterNode)
            cout << "调用进程数：" << numprocs << " 计算时间：" << finish - start << endl;
        delete[]data;
    }
​
    MPI_Finalize();
    return 0;
}
​
void odd_even_sort(float *p, int num) {
    bool sort = false;
    while (!sort) { //若一次奇数排序，一次偶数排序，均未发生数据交换，则认为已排好序
        sort = true;
        for (int i = 1; i < num; i += 2) {
            if (p[i] < p[i - 1]) { //此处不能写等号
                swap(p, i, i - 1);
                sort = false;
            }
        }
        for (int i = 2; i < num; i += 2) {
            if (p[i] < p[i - 1]) {
                swap(p, i, i - 1);
                sort = false;
            }
        }
    }
}
inline void swap(float *p, int i, int j) {
    float tmp = p[i];
    p[i] = p[j];
    p[j] = tmp;
}
void mergeSort(float *data, float *buffer, float *tmp, bool &sort, int part) {
    int i = 0, j = 0, k = 0;
    while (i != part && j != part) {
        if (data[i] <= buffer[j]) {
            tmp[k++] = data[i++];    //此处等号一定要加
        } else {
            tmp[k++] = buffer[j++];
        }
    }
    if (j != 0)sort = false;
    if (i != part) {
        while (k != 2 * part)tmp[k++] = data[i++];
    }
    if (j != part) {
        while (k != 2 * part)tmp[k++] = buffer[j++];
    }
    copy_n(tmp, part, data);
    copy_n(tmp + part, part, buffer);
}
​
void parallelMergeSort(float *data, int part) {
    MPI_Status status;
    int myid, numprocs;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myid);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &numprocs);
    int left = myid - 1, right = myid + 1;
    if (left < 0)left = MPI_PROC_NULL;//虚拟进程，使所有进程都有左右，边界上无序特殊处理
    if (right > numprocs - 1)right = MPI_PROC_NULL;
​
    float *buffer = new float[part] { 0 };
    float *tmp = new float[2 * part] { 0 };
    bool sort = false;
    bool flag = false;
​
    while (!flag) {
        sort = true;
        if (myid % 2 == 0) {
            MPI_Send(data, part, MPI_FLOAT, left, 0, MPI_COMM_WORLD);
            MPI_Recv(data, part, MPI_FLOAT, left, 0, MPI_COMM_WORLD, &status);
        } else if (right != MPI_PROC_NULL) { //如果接受的是虚拟进程的消息（空），那就不应该进行mergeSort
            MPI_Recv(buffer, part, MPI_FLOAT, right, 0, MPI_COMM_WORLD, &status);
            mergeSort(data, buffer, tmp, sort, part);
            MPI_Send(buffer, part, MPI_FLOAT, right, 0, MPI_COMM_WORLD);
        }
​
        MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);//屏障函数，显式将奇排序和偶排序分开，不加也可以
​
        if (myid % 2 == 1) {
            MPI_Send(data, part, MPI_FLOAT, left, 0, MPI_COMM_WORLD);
            MPI_Recv(data, part, MPI_FLOAT, left, 0, MPI_COMM_WORLD, &status);
        } else if (right != MPI_PROC_NULL) {
            MPI_Recv(buffer, part, MPI_FLOAT, right, 0, MPI_COMM_WORLD, &status);
            mergeSort(data, buffer, tmp, sort, part);
            MPI_Send(buffer, part, MPI_FLOAT, right, 0, MPI_COMM_WORLD);
        }
​
​
        //全规约函数，对每个进程中的sort标识求逻辑与，结果保存在flag中，flag=1 意味着每个进程的sort都为1，排序完成
        MPI_Allreduce(&sort, &flag, 1, MPI_C_BOOL, MPI_LAND, MPI_COMM_WORLD);
​
    }
​
    delete[]tmp;
    delete[]buffer;
}

“若干”的问题

从下面的实验结果可以看出，在选择分为两个子序列时，排序速度是最快的（使用CPU的核数通常都是偶数，具体原因个人感觉有技术和市场两方面）。那么为什么分的子序列更多，反而排序的速度成倍减慢呢？

因为这个实验是在服务器上做的，代码是C++写的，我的服务器CPU只有两个，如果分的子序列超过了CPU的个数，那么进程之间的切换会耗费大量的时间，这非但不会加快排序的速度，反而会让程序严重变慢。这就有点东施效颦的感觉，明明没有那么多CPU，还非要分那么多子进程

参考链接

两小时入门MPI与并行计算（一）：并行计算预备知识

并行计算：MPI总结

MPI并行计算学习笔记4——奇偶排序的优雅实现_奇偶排序并行化

odd-even-sort/odd_even_sort.cpp at main · thkkk/odd-even-sort · GitHub

风语者！平时喜欢研究各种技术，目前在从事后端开发工作，热爱生活、热爱工作。

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